No Ninja Story, você poderá selecionar a linhagem de habilidades que deseja seguir.
A árvore é dividida em duas partes, a primeira você receberá suas habilidades normalmente,
sem precisar de um sensei.
Já a segunda parte você terá que decidir de quem você será discípulo, você só pode escolher entre um da sua linhagem.
Linhagens
Taijutsu : Linhagem focada em golpes físicos ofensivos e na defesa física. 
Ninjutsu : Linhagem focada na arte ninja ofensiva.
Iryo Ninjutsu : Focado em ninjutsu médico, tendo em seu avanço de classe ataques ofensivos devastadores.
