O jogo se passa 50 anos após a primeira guerra ninja. A Akatsuki entra em ação para obter as bijuus e completar seu misterioso plano.
Revivendo os ninjas mortos utilizando o Edo tensei, a akatsuki montou sua tropa de ninjas controlados, obrigando os cinco grandes países a se
unirem para impedir o plano da Akatsuki.
Após uma longa batalha, a união dos cincos países sai vitoriosa, o objetivo da Akatsuki não foi concluído.
Mas eles não desistiram...
(Salamander Hanzou será seu primeiro inimigo no Ninja Story)
Seu inicio:
Você inicia como um estudante de academia ninja, perdido no meio da guerra sangrenta, e acaba encontrando Hanzou. Mesmo ele não tendo nenhuma vontade de lutar contra você, o corpo dele está sob controle da Akatsuki.
Após sua clara derrota, que quase te levou à morte, Mifune, O general do país do ferro acaba te encontrando e resolve te ajudar. Você está fraco no momento, então é levado imediatamente para o país do ferro, onde deverá permanecer até que esteja totalmente recuperado.
Vilas Disponíveis no Closed Beta
Após você estar recuperado, é liberado para voltar a sua escolhida vila. Para voltar ao seu treinamento ninja, e se tornar um grande herói.
Inicialmente, o jogo contará apenas com 3 vilas; a Vila da Areia do País do Vento, a Vila da Folha do País do Fogo e a Vila da Névoa do País da Água.
OBS: Só terão essas vilas durante o closed , creio que futuramente terá mais.
